Malfurion fue el más dedicado de los discípulos de Cenarius. En el mundo antiguo antes del Gran Cataclismo, Malfurion fue un respetado erudito leal a su admirada, Reina Azshara. Fue uno de los primeros en notar la distancia que Azshara y sus seguidores mantenían de su pueblo, lo que le llevó a sospechar que los poderes que otorgaba el Pozo de la Eternidad no eran tan puros como se creían. Aunque no podía entender lo que estaba por venir, Malfurion supo que los Kaldorei cambiarían para siempre.

Azshara y sus Altonatos, la nobleza elfa fiel a la reina, estaban tan interesados en el Pozo que ordenaron recopilar todo lo que se supiera sobre él. El tiempo pasó, y los altonatos aprendieron a extraer poder del pozo y a manipular sus energías. Sin embargo los descuidos de la Reina Azshara a la hora de usar la magia del pozo captó la atención del titán oscuro Sargeras, enemigo de toda forma de vida y señor de la Legión Ardiente. Tras abrir un portal en el palacio de las hechiceras de Azshara, y con la colaboración del noble consejero Xavius transformado ahora en sátiro, se permitió que llegaran a Kalimdor hordas de demonios entre los que se encontraban los comandantes más importantes de la Legión Ardiente - Archimonde, Mannoroth y Hakkar — que rápidamente empezaron a arrasar todo aquello por donde pasaban asesinando a los que se oponían a ellos. Los elfos de la noche lucharon desesperadamente para hacerles retroceder pero demasiados de ellos caían bajo su embrujo y acabaron cambiándose de bando. La Legión Ardiente iba ganando terreno y los altonatos empezaron a conjurar un gran portal sobre el Pozo de la Eternidad para invocar al mismísimo Sargeras.

Sin embargo desde las filas de los desesperados Kaldorei, surgió la figura de Malfurion. Tras convencer a su hermano gemelo Illidan, miembro de los Altonatos, para que abandonara la magia, Malfurion y su amada Tyrande, alta sacerdotisa de Elune, se embarcaron rápidamente en la búsqueda del semidiós Cenarius con la esperanza de que él pudiera ayudar a los sufridos Kaldorei que aún resistían.

Incluso contando con la ayuda de Cenarius y Alexstrasza, la Reina de los Dragones, Malfurion sabía que su pueblo no podía resistir el constante bombardeo de los invasores demoníacos. Creyendo que el Pozo de la Eternidad era la entrada de todos ellos, planeó destruirlo. Sabiendo que ello los convertiría en seres mortales privándoles de cualquier tipo de magia, los elfos de la noche aceptaron de mala gana asaltar el fuerte de Azshara y poner fin a la invasión.

Sin embargo, Illidan, estimulado por su adicción a la magia y su amor frustrado por Tyrande, rehusó perder su poder y abandonó la resistencia para a advertir a los altonatos. Urgido por la prisa, Malfurion atacó inmediatamente antes de que su hermano pudiera dar la alarma.

Cuando llegó, Azshara y sus acólitos los estaban esperando preparados para recibirlos con sus magias del caos que destrozaron a las fuerzas de Malfurion. Pero no fue sino la mirada de Tyrande siendo apresada por los sátiros sirvientes de Azshara, lo que le dio a Malfurion la fuerza para asestar el golpe final.

Sabiendo que la guerra de Azshara contra Malfurion había alejado el portal de su alineamiento mágico y el vórtice se había vuelto inestable, Malfurion conjuró un hechizo para crear un enorme huracán que barriera a los demonios y los enviara directos al Pozo y luego al Vacío Abisal. Tras esto, el Pozo de la Eternidad se colapsó y explotó atrayendo hacia sí el palacio de Azshara y la ciudad en ruinas de Zin-Azshari. Por otro lado, aunque Sargeras sabía que el Portal se estaba cerrando, intentó hacer lo imposible por atravesarlo desde el otro lado y llegar a Azeroth pero finalmente la explosión atrapó dentro al titán oscuro originando una catastrófica fuerza natural que cambió el aspecto del mundo para siempre. Más tarde se le bautizó como el Gran Cataclismo.

A pesar de todo, Malfurion sobrevivió. Su gente construyó barcos y navegaron hacia lo que podría ser Kalimdor, Malfurion, Tyrande y Cenarius tomaron el papel de guias de su pueblo hacia un nuevo hogar.

Pero para su desgracia, un lago en la cumbre del Monte Hyjal empezó a emitir extrañamente las mismas energías mágicas que el Pozo de la Eternidad, que creían que había desaparecido para siempre. La explicación es que Illidan, buscando preservar la magia arcana a la que era adicto, había rellenado siete viales de las aguas del Pozo de la eternidad antes de que explotara y vertió tres de ellos en ese lago, creando un nuevo Pozo. Sabiendo que la adicción de Illidan a la magia sería siempre una amenaza a la seguridad del mundo, Malfurion encerró a su hermano en las cavernas bajo Hyjal; conocidas como Túmulos profundos. Con el cataclismo fresco en sus mentes, Malfurion y los elfos de la noche no se atrevieron a intentar destruir el nuevo Pozo.

Buscando el consejo de los Aspectos, de los vuelos de dragón, Malfurion se reunió con Alexstrasza del vuelo rojo, Ysera del vuelo verde y con Nozdormu del vuelo de bronce, que regresaron de sus escondites, y a los que les afectó la noticia de la creación de un nuevo Pozo. Todos estuvieron de acuerdo en que la Legión Ardiente podría percibir de nuevo sus energías y encontrar Azeroth por segunda vez con el peligro que eso representaba.

Malfurion acordó con ellos una alianza para proteger el Pozo. Para este fin, crearon el Árbol del Mundo, Nordrassil, al que moldearon para proteger tanto al Pozo, como a los elfos de la noche. Alexstrasza, la Protectora de la Vida, hizo crecer al árbol de una semilla de G'Hanir. Nozdormu, el Imperecedero, conjuró un encatamiento que se mantendría siempre que el árbol se mantuviera de pie y que otorgaba a los elfos de la noche el don de evitar la muerte de vejez o enfermedad. Ysera, la Soñadora, enlazó a Nordrassil con el Sueño Esmeralda, el plano de existencia que muestra el mundo tal y como sería si no se destruyera la naturaleza, lo que permitiría a la dragona reconstruir poco a poco el mundo de las consecuencias del cataclismo a través del árbol. Sin embargo, para mantener el Sueño Esmeralda, necesitaba una gran fuente de conocimiento para vagar por sus senderos eternos. Para sustentarlo, todos los druidas aceptaron dormir conjuntamente durante siglos, y a pesar de los años que perderían, estarían vinculados a ese plano de existencia para siempre.

Malfurion y Tyrande ayudaron a su pueblo a reconstruir su sociedad entre los bosques de Vallefresno que rodeaban Hyjal. Cenarius les enseñó los caminos de la madera y Malfurion adquirió un considerable poder, a la vez que aprendía los caminos del arte de los druidas, hasta llegar a convertirse en Archidruida, el primero entre su gente.

A pesar de los deseos de Malfurion por permanecer junto a Tyrande, él junto a sus druidas tuvieron que dormir pacíficamente durante muchos años hasta que fueron despertados por un ataque de Dath'Remar Sunstrider y los altonatos supervivientes. Su líder fue rápidamente atrapado, pero los druidas rehusaron acabar con ellos viendo la gran cantidad de vidas que se habían perdido ya, de modo que Malfurion decidió desterrar a los altonatos. Dath'Remar y sus seguidores se convirtieron tiempo después en los elfos nobles. Con un gran sentimiento de tristeza en su corazón Malfurion dejó por segunda vez a Tyrande para volver al Sueño Esmeralda, retornando a su largo sueño en el Túmulo de Tempestira del Claro de la Luna. Diez mil años después, la segunda llegada de la Legión a Azeroth obligó a Tyrande a volver a despertar a los druidas. Tras derrotar a los tres guardianes primarios (Protector de rayo, Protector de fuego y Protector de hielo), consiguió el Cuerno de Cenarius, cuyo sonido sacó de su sueño a Malfurion. Nada más despertar, el druida pudo sentir la corrupción y la muerte de su tierra, algo que percibía incluso desde el Sueño Esmeralda. Lo primero que hizo fue invocar antárboles, los guardianes del bosque, y enviarlos contra los muertos vivientes invasores que se encontraban muy cerca del Claro de la Luna. 

Tyrande le comunicó entonces que Archimonde había regresado a Kalimdor, junto con su fiel ejército. Malfurion comprendió entonces el propósito del general de la Legión Ardiente: asaltar el Monte Hyjal y drenar la energía mística de Nordrassil que era quien daba protección a los elfos de la noche. Su misión no ofrecía dudas: había que despertar a los demás druidas y parar a Archimonde.

Sin embargo los elfos no eran los únicos interesados en acabar con la amenaza de la Legión, Malfurion observó que las razas autóctonas de Azeroth peleaban con garra contra los muertos vivientes lo que llevó a considerar que quizás podría formarse una alianza de razas para la guerra que se avecinaba. Sin embargo Tyrande se opuso a la idea aduciendo que las razas mortales se merecían lo que les deparara el destino por haber matado a Cenarius - que había perdido la vida a manos de Grom Hellscream en un asalto de los orcos del Clan Warsong a Vallefresno.

Sin embargo, camino de despertar a los druidas de Cuna del Invierno descubrieron que algunas de las razas de Azeroth también habrían caído bajo la influencia de las fuerzas oscuras y habían perdido cualquier vestigio de diplomacia. Tyrande encontró un grupo de furbolgs, a los que había tratado de ayudar en Vallefresno, y que se encontraban ahora corrompidos por las fuerzas de la oscuridad por lo que tuvieron que matarlos para poder continuar. Además lucharon contra muertos vivientes, y pasaron junto a refriegas de orcos contra humanos. Finalmente llegaron a los túmulos donde dormían los druidas conocidos como los Druidas de la Garfa, donde Malfurion hizo sonar el cuerno de Cenarius para despertarlos. Los druidas aceptaron ayudarle tras rogarle que despertara también a los druidas del Monte Hyjal conocidos como los Druidas de la Zarpa.

Al entrar en las cavernas de las montañas que dan acceso a Hyjal, Malfurion y Tyrande descubrieron gigantescas arañas y otras criaturas que habían mutado y se habían corrompido incluso allí, en el santuario de Hyjal. Pronto se toparon con una puerta que comunicaba con las salas donde se encontraba preso el traidor de Illidan. El druida siguió adelante y se encontró con una desagradable sorpresa; los druidas que se disponía a despertar se habían olvidado de quienes eran y vagaban en su forma feral de oso en lugar de su aspecto humanoide de elfos de la noche. Sus mentes eran ahora idénticas a la de esos osos, haciendo imposible que se pudiera razonar con ellos. Sin embargo, gracias al Cuerno de Cenarius, Malfurion los liberó de su estado y los Druidas de la Zarpa recuperaron la consciencia, aceptando de buen grado participar en la batalla contra la Legión.

Mientras tanto, Tyrande había liberado a Illidan, esperando que contribuyese de alguna manera a la guerra que se avecinaba lo que no convencía a Malfurion que, aún después de todos estos años, seguía sin confiar en su hermano. Illidan le recordó a Malfurion que ya habían luchado juntos contra los demonios y habían salido victoriosos pero el druida no quiso saber nada del asunto y se desentendió de lo que pudiera pasar.

Illidan formó un ejército de elfos de la noche y se adentró en los bosques corruptos de Frondavil, donde se enfrentó a Tichondrius. Tyrande y Malfurion quisieron ayudar y se encaminaron rápidamente hacia el lugar pero al llegar se encontraron con un Illidian ya victorioso y bajo la forma de un monstruoso demonio. Su aspecto se debía a que había incovado los poderes de la Calavera de Gul'dan para sí cuando derrotó a Tichondrius. Malfurion y Tyrande aún no podían creer la horrible decisión que había elegido Illidan y el oscuro camino que le esperaba a partir de ahora por lo que Malfurion lo desterró de los bosques para siempre. Illidan no se molestó en discutir con su hermano y abandonó el lugar espontáneamente.

Esa noche, Malfurion tuvo una visión. Un cuervo vino a él y le contó que tenía que llevar a Tyrande a las faldas del Monte Hyjal. Lleno de curiosidad, llevó a cabo la tarea del cuervo y una vez en el lugar indicado se encontró con Lady Jaina y Thrall, los líderes de los ejércitos de los humanos y los orcos de Kalimdor.

Tyrande los reprendió y, justo cuando se disponía a enfrentarse a ellos, apareció el cuervo de la visión de Malfurion, presentándose como Medivh, el último Guardián de Tirisfal. Medivh convenció a los elfos de unir fuerzas con los orcos y los humanos para tratar de detener a Archimonde cuyos planes más inminentes incluían el asalto a Nordrassil. Con el recuerdo de las consecuencias de la Guerra de los Ancestros en mente, Tyrande finalmente aceptó.

Malfurion ideó entonces un plan de ataque. Las defensas deberían construir rápidamente fortificaciones a lo largo de todo el camino que llevaba a la cima de la montaña y prepararse para la llegada de Archimonde. Malfurion sabía exactamente lo que tenía que hacer para derrotar al general de la Legión Ardiente: utilizar los poderes del árbol del mundo sobre el demonio. 

Sin embargo Archimonde no estaba solo, contaba con la ayuda de algunos de sus más poderosos lugartenientes (Rage Winterchill, Azgalor, sucesor de Mannoroth y Anetheron, el sucesor de Tichondrius) con los que comenzó el asedio a Hyjal. Las primeras barreras defensivas estaban comandadas por los humanos y los orcos; en última instancia se encontraban los elfos de la noche con Tyrande al mando de los Centinelas. Sin embargo Archimonde no tuvo necesidad de detenerse a luchar, en su lugar dejó a su ejército mientras él abrió un portal que lo llevó directamente a la zona donde se encontraba Nordrassil. Tyrande y Malfurion observaron avanzar altivamente a la gigantesca figura del general de la Legión Ardiente, que caminaba sin prestar atención a los Guardianes Ancestrales que se habían concentrado a los pies del árbol para defenderlo. Archimonde se mostraba tan confiado en la victoria que no estuvo alerta a la trampa que le habían preparado.

Cuando llegó finalmente a los pies del árbol, Malfurion hizo sonar el Cuerno de Cenarius. Del interior de los cientos de Guardianes Ancestrales, despertó un gran poder de naturaleza que fue lanzado en un ataque coordinado sobre Archimonde, detonándolo en una gran explosión conjunta de tal magnitud que no solo desintegró a Archimonde sino que la deflagración afectó a la totalidad de bosques de la cima de Hyjal, incluido Nordrassil, lo que acabó de un plumazo con la inmortalidad de los elfos de la noche. 

Un día, mientras se encontraban haciendo recuento de lo ocurrido frente a Nordrassil, Malfurion y Tyrande recibieron la visita insesperada de un mensajero con una misiva de parte de Maiev la carcelera, rogándoles ayuda contra Illidan. El otrora cazador de demonios en otra época, había resurgido para reclutar un ejército de anfibios humanoides cubiertos de escamas conocidos como los naga, que no eran sino una mutación de los antiguos altonatos supervivientes de la explosión del Pozo de la Etermindad. Entre los planes de Illidan, estaba el vengarse de Maiev y sus tropas como venganza por sus años de exclavitud. Malfurion se apresuró inmediatamente a ayudarlos y dejó a Tyrande en Hyjal.

Malfurion llevó consigo a gigantes de las montañas como apoyo en la batalla para liberar a Maiev de los naga. Cuando la líder de los Vigilantes quedó en libertad, lo primero que hizo fue recriminarle a Tyrande el haber matado a varios de sus guardas cuando liberó a Illidan de su prisión en Hyjal. Malfurion se interpuso entre las dos mujeres antes de que el asunto pasara a mayores y les espetó que dejaran los asuntos personales para cuando hubieran acabado con la amenaza que suponían Illidan y sus naga. La batalla contra los ejércitos anfibios continuó hasta que Illidan capturó a Tyrande. Sin embargo la dejó marchar con la condición que no lo siguiera, tras lo cual huyó antes de que lo apresaran. Haciendo caso omiso de su advertencia, Malfurion y Tyrande lo persiguieron a través del mar hasta las costas de Lordaeron.

Preocupado por la corrupción de los bosques del lugar, Malfurion se retiró al interior de la espesura a consultar a los espíritus del bosque dejando solas a Maiev y Tyrande que no tardaron en olvidar la promesa de no agresión hasta que hubieran encontrado a Illidan.

Tan pronto como entró en el bosque, Malfurion sintió el dolor de la tierra y le fue revelado por los benevolentes espíritus de la naturaleza una visión de Rasganorte donde su hermano Illidan estaba usando la magia del Ojo de Sargeras provocando el desmembramiento de algunos de los parajes naturales de la región. El druida temió que esto llegara a afectar seriamente al mundo de Azeroth y se propuso detener a su hermano a toda costa.

Cuando Malfurion regresó tan solo encontró a Maiev, que le explicó que Tyrande había caído en batalla con los naga. Furioso, Malfurion lideró un nuevo ataque contra los ejércitos anfibios de Illidan, y con la ayuda de Maiev y de su nuevo aliado, el Príncipe Kael'thas, salieron victoriosos y capturaron al cazador de demonios. Tras acusar a su hermano de la muerte de Tyrande, Kael intervino diciendo que era prematuro adelantar su muerte ya que solamente habían visto como la elfa era arrastrada por la corriente de un rio. Cuando Malfurion cayó en la cuenta que había sido engañado, dejó perpleja a Maiev cuando abandonó el lugar para buscar a Tyrande... junto con su hermano y algunos miembros naga que voluntariamente se ofrecieron a fondear el río.

Cuando al fin localizaron a Tyrande, la encontraron luchando junto a un pequeño grupo de Centinelas contra los muertos vivientes. Illidan luchó por alcanzarla por el flanco del río mientras que Malfurion se defendía de sus atacantes. Finalmente ambos hicieron retroceder a los muertos vivientes a la vez que Illidan rescataba a Tyrande.

Cuando Illidan devolvió sana y salva a Tyrande a su hermano, este agradecido decidió concederle la libertad pero advirtiéndole de que si alguna vez volvía a molestar a los elfos de la noche no volvería a perdonarlo. Illidan estuvo de acuerdo en tales términos y abrió un portal mágico por el que desapareció.

Inmediatamente apareció Maiev furiosa con Malfurion y Tyrande por permitir que Illidan escapara. En pleno ataque de ira, ella y sus Vigilantes siguieron a Illidan a través del portal. Tyrande trató de persuadirla pero Malfurion intercedió para dejarla marchar, sabiendo que nada de lo que se le dijera iba a hacerla cambiar de idea.

Con un profundo pesar, Malfurion y Tyrande regresaron a su hogar con su gente. Sin embargo aún quedaba trabajo por hacer.