Lord Lothar reunió los restos de los ejércitos de Azeroth después de su derrota en el Castillo de Ventormenta y se embargó en un éxodo masivo cruzando el mar hacia el reino norteño de Lordaeron. Convencidos de que la Horda derrotaría a toda la humanidad si no se la controlaba, los líderes de las siete naciones humanas se reunieron y aceptaron unirse en lo que se llamaría la Alianza de Lordaeron. Por primera vez en casi tres mil años, las distintas naciones de Arathor estaban unidas de nuevo bajo el mismo estandarte. Lord Lothar, nombrado comandante en jefe de las fuerzas de la Alianza, preparó a sus ejércitos para la llegada de la Horda.

Ayudado por sus tenientes, Uther el Iluminado, el almirante Daelin Valiente y Turalyon, Lothar también fue capaz de convencer a las razas no humanas de Lordaeron de la inminente amenaza. La Alianza consiguió el apoyo de los estoicos enanos de Forjaz y un pequeño número de elfos nobles de Quel'Thalas. Los elfos, liderados en aquel tiempo por Anasterian Caminante del Sol, no estaban muy interesados en el inminente conflicto. Sin embargo, el deber los obligaba a ayudar a Lothar, ya que él era el último descendiente del linaje Arathi, el cual en el pasado había ayudado a los elfos.

La Horda, liderada ahora por el Jefe de Guerra Martillo Maldito, trajo a los ogros de su hogar en Draenor y reclutó a los discriminados trols Amani de los bosques. Completando una gigantesca campaña para invadir el reino enano de Khaz Modan y las fronteras del sur de Lordaeron, la Horda diezmaba toda oposición sin esfuerzo.

Las batallas épicas de la Segunda Guerra fueron desde escaramuzas navales a gran escala a enormes combates aéreos. De alguna forma, la Horda había desenterrado un poderoso artefacto conocido como el Alma del Demonio y lo utilizaron para esclavizar a la Reina de los Dragones, Alextrasza. Amenazándola con destruir sus preciosos huevos, la Horda la obligó a enviar a sus hijos adultos a la guerra. Los nobles dragones rojos se vieron obligados a luchar por la Horda, y eso hicieron.

La guerra rugió a lo largo de los continentes de Khaz Modan, Lordaeron y el propio Azeroth. Como parte de su campaña norte, la Horda tuvo éxito al quemar las fronteras de Quel'Thalas, pero a la vez lograron que los elfos se comprometieran del todo con la causa de la Alianza. Las grandes ciudades y poblaciones de Lordaeron fueron arrasadas y devastadas por el conflicto. A pesar de la ausencia de refuerzos y de tenerlo todo en contra, Lothar y sus aliados lograron mantener a raya a sus enemigos.

Sin embargo, durante los últimos días de la Segunda Guerra, cuando la victoria de la Horda sobre la Alianza parecía casi segura, hubo una terrible disputa entre los dos orcos más poderosos en Azeroth. Mientras Martillo Maldito preparaba su asalto final contra la capital de Lordaeron, un asalto que aplastaría a los últimos restos de la Alianza, Gul'dan y sus seguidores abandonaron sus puestos y se hicieron a la mar. El perplejo Martillo Maldito, habiendo perdido casi la mitad de sus fuerzas por la traición de Gul'dan, se vio obligado a retroceder y dejar pasar su gran oportunidad de vencer a la Alianza.

Gul'dan, sediento de poder y obsesionado con obtener la divinidad, se embargó en una búsqueda desesperada para encontrar la Tumba de Sargeras, ya que creía que allí se ocultaban los secretos del poder definitivo. Habiendo ya condenado a sus camaradas orcos a ser los esclavos de la Legión Ardiente, Gul'dan no tuvo ningún remordimiento por su supuesto deber hacia Martillo Maldito. Ayudado por los clanes Cazatormentas y Martillo Crepuscular, consiguió sacar la Tumba de Sargeras del fondo marino. Sin embargo, cuando abrió la antigua e inundada cripta, descubrió que solo le estaban esperando demonios enloquecidos.

Buscando castigar a los orcos desertores por sus costosa traición, Martillo Maldito envió a sus fuerzas a matar a Gul'dan y traer de vuelta al redil a los renegados. Por su imprudencia, Gul'dan fue destrozado por los demonios enloquecidos que había liberado. Con su líder muerto, los clanes renegados cayeron pronto ante las enfurecidas legiones de Martillo Maldito. Aunque la rebelión había sido reprimida, la Horda fue incapaz de recuperarse de las terribles pérdidas que había sufrido. La traición de Gul'dan no solo le había llevado esperanza a la Alianza, sino también tiempo para reagruparse y tomar represalias.

Lord Lothar, viendo que la Horda se resquebrajaba, reunió a sus últimas fuerzas y empujó a Martillo Maldito hacia el sur, de vuelta a las destrozadas tierras de Ventormenta. Allí, las fuerzas de la Alianza atraparon a la Horda, que se estaba retirando, dentro de la fortaleza volcánica de la Cumbre de Roca Negra. Aunque Lord Lothar cayó en la batalla en la base de la montaña, su teniente, Turalyon, reunió a las fuerzas de la Alianza en la hora undécima y empujó a la Horda de vuelta al abismal Pantano de las Penas. Las fuerzas de Turalyon tuvieron éxito al destruir el Portal Oscuro, el portal místico que unía a los orcos con su mundo natal de Draenor. Sin posibilidad de recibir refuerzos y fracturada por las luchas internas, la Horda finalmente se colapsó sobre sí misma y cayó ante el poder de la Alianza.

Los clanes orcos dispersos fueron rápidamente apresados y colocados en el interior de campos de internamiento vigilados. Aunque parecía que la Horda había sido derrotada del todo, algunos se mostraban escépticos ante la idea de una paz duradera. Khadgar, ahora un archimago de cierto renombre, convenció al Alto Mando de la Alianza para construir la fortaleza de Nethergarde y vigilar así las ruinas del Portal Oscuro y asegurarse de que no habría más invasiones desde Draenor.